首先明确，个人独资企业虽然称为“企业”，但从2001年1月1日起，个人独资企业不再缴纳企业所得税，甚至对投资者取得的生产经营收入征收个人所得税。
个人独资企业缴纳的个人所得税可以分为两类，一类是为个人独资企业的职工缴纳个人所得税，另一类是对企业的营业收入缴纳个人所得税。
(一)缴纳个人所得税的种类
1.个人独资企业的职工缴纳个人所得税。根据《个人所得税法》第11条规定，工资薪金所得纳入职工年度综合收入，企业按月或按次“代扣代缴”税款；如需结算，应在取得收入的次年3月1日至6月30日内结算。
2.个人独资企业的营业收入。《个人所得税法》第十二条：纳税人取得营业收入，按年计算个人所得税。纳税人应当在每月或者每季度结束后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；结算和支付应在次年3月31日前办理。
(二)个人独资企业纳税人
根据《中华人民共和国个人独资企业法》，个人独资企业以投资者为纳税人。
(3)个人独资企业适用税率
1.个人独资企业实行查帐征收方式的，税率按“个体工商户生产经营所得”税目执行，适用5%-35%的武术超额累进税率；
2.实行核定征收，按应纳税所得额计算应纳税所得额，再按应纳税额适用5%~35%的五级超额累进税率。
(四)个人独资企业应纳税所得额的计算
个人独资企业应纳税所得额=总收入-成本-费用-各种损失
总收入=商品销售收入、营业收入、劳务收入、工程价款收入、物业出租或转让收入、利息收入、其他收入和营业外收入。从事生产经营和与生产经营有关的活动的企业取得的全部收入包括。
(5)不得扣分
个人独资企业缴纳的个人所得税与个体工商户相当，其中4项在计算应纳税所得额时不得扣除
1.投资者的工资按每人每月3500元的成本标准扣除；
2.投资者及其家属发生的生活费不予扣除。
3.企业生产经营与投资者及其家庭共有的固定资产难以分割的，应当按比例扣除
4.各类预提准备金不得扣除
(六)核定税收征收方式
第一步：计算应付所得税
应纳所得税=应纳税所得额*适用税率
第二步：计算应纳税所得额=总收入*应纳税所得率=成本费用/(1-应纳税所得率)*应纳税所得率应税所得率一般根据行业特点和主管税务机关的批准确定。
(七)企业年度亏损
个人独资企业年度亏损可以用企业下一年度的生产经营收入弥补，下一年度弥补的亏损可以递延，最长不得超过五年。
(八)提交表格
投资者提前缴纳个人所得税时应提交《生产、经营所得个人所得税申报表（A表）》
年末后30天内，提交营业收入时，提交至《生产、经营所得个人所得税申报表（B表）》